Pues viendo lo claras que tienes las cosas y que entiendes sobre el tema yo te diria que te fueras de tienda en tienda buscando los componentes para hacertelo tu de la manera más personalizada posible. Además puedes ahorrarte algun disgusto y algo de dinerillo.
Lo del disgusto... no es algo raro. Hay ordenadores muy muy buenos con poco precio, como le paso a un compañero que se compro una máquina de ordago y le salio baratilla para lo que era. Claro está cosas como el ventilador y demás componentes que no se detallan en el producto... puede que sean de la calidad mas baja que haya en el mercado como le paso a el con el ventilador... micro quemado, la placa no se quemó por los pelos y el consiguiente gasto para reparar todo (lo hicimos con piezas nuevas y entre el y yo, la mano de obra a precio... con una birrillas mientras se monta es suficiente
Al final escarmentó y diox la que liamos para montarle la refrigeración liquida.
Si eres capaz o tienes quien te eche una mano yo te diría que fueras pieza a pieza y todo a tu gusto. Yo llevo asi años y la verdad que no me arrepiento.
El tema VMWare no se decirte, lo he usado pero limitado a las máquinas que tenemos en el curro. La virtualización de microsoft directamente no la he manejado. Yo utilizo frecuentemente VirtualBox (Que ahora lo lleva Sun) y problemas 0, tanto sobre Linux como Win. No se si tendrá alguna mejora dependiendo del tipo de micro, pero metele ram a saco que es el punto más necesitado, el disco duro depende de el uso que le des, con que le reserves 5 gigas puede ser suficiente, pero estas cosas ya se sabe que terminan creciendo, pero no creo que sea el problema, ahora esta bastante barato el tema de discos duros grandes a buen precio, sin llegar a los de mayor capacidad (yo ya he visto de 2 teras)